黑河市历史悠久。据考古证明,早在旧石器时期就有人类在此地活动,他们是形成本地域古代土著民族的基础。公元前16世纪,居住在今黑河市北部、嫩江流域的东胡、秽貊人和商朝就有过“东胡黄罴,山戎戎菽”的贡纳关系。到西周初年,居住在黑龙江中、下游的肃慎族已向周王朝贡“楛矢石砮”。三国时属扶余地。唐朝,黑龙江中、下游属黑水靺鞨。公元725年(唐开元十三年),唐王朝设立黑水都督府,黑水靺鞨属之。公元792年(唐贞元八年),又设立室韦都督府,对黑龙江上、中游和嫩江流域室韦诸部进行有效的统治。金朝,属于蒲峪路。元朝,为了沟通内地与黑龙江流域的联系,建立许多“站赤”,今黑河市域即在辽阳行省开元路管辖区域内。明朝,设立奴儿干都司,域内女真、契丹人均属之。清朝,康熙帝为了抵抗沙俄的侵略,于1683年(康熙二十二年)12月13日,在黑龙江左岸旧瑷珲城设置黑龙江将军衙门。1685年(清康熙二十四年)迁至江右岸新瑷珲城(今爱辉区瑷珲镇)。1690年(清康熙二十九年)又移驻墨尔根(今嫩江市),瑷珲副都统留守瑷珲,黑河地域多归其统辖。民国时期,设立黑河道尹公署,管辖上至漠河、下至佛山(今嘉荫县)的黑龙江沿岸地区。1933年1月25日,日本侵略者占领黑河。1934年12月1日,伪黑河省成立。1945年8月10日,苏军出兵解放黑河。11月初,省工委派党的干部王肃等人进入黑河开辟工作,11月19日,成立嫩江省黑河地区行政办事处。12月14日,嫩江省黑河地区行政办事处更名为黑龙江省黑河地区行政办事处。1946年9月7日,设立黑河地区行政督察专员公署。1947年初,黑龙江、嫩江两省合并为黑嫩省。2月7日,改设黑嫩省第五行政督察专员公署。9月17日,改设黑龙江省黑河行政督察专员公署。1950年1月16日,黑河行政区督察专员公署改称为黑龙江省黑河区专员公署。1955年4月19日,黑河区专员公署改称为黑龙江省黑河专员公署。1967年4月9日,黑河地区革命委员会成立。1979年2月8日,撤消黑河地区革命委员会,成立黑龙江省黑河地区行政公署。1993年2月8日,国务院决定撤消黑河地区,设立黑河市(地级)至今。(2024年6月20日)